PlantPromoterDB promoter information of AT1G26630.2

Summary of Gene (AT1G26630.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G26630 TAIR NCBI
Gene model	AT1G26630.2
Description	Eukaryotic translation initiation factor 5A-2. Involved in programmed cell death triggered as a response to pseudomonas syringae infection. Loss of function mutants are more resistant to infection.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 9204968-9206167)

`Genome position from initiation codon` `AT1G26630.1 TSS from cDNA TSS information AT1G26630.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G26630.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 44 + 9205885 -83

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	44	+	9205885	-83

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 9205884 -84

TSS clone A clone + 9205885 -83

TSS clone C clone + 9205886 -82

TSS clone T clone + 9205888 -80

TSS clone T clone + 9205890 -78

TSS clone T clone + 9205894 -74

TSS clone T clone + 9205896 -72

TSS clone T clone + 9205897 -71

TSS clone G clone + 9205899 -69

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	9205884	-84
TSS clone	`A`	clone	+	9205885	-83
TSS clone	`C`	clone	+	9205886	-82
TSS clone	`T`	clone	+	9205888	-80
TSS clone	`T`	clone	+	9205890	-78
TSS clone	`T`	clone	+	9205894	-74
TSS clone	`T`	clone	+	9205896	-72
TSS clone	`T`	clone	+	9205897	-71
TSS clone	`G`	clone	+	9205899	-69

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATATAAAAA + 9205850 9205863 -118 -105

Y Patch CCTTCCTCT + 9205837 9205845 -131 -123

Y Patch CTTCTCTCTCTT + 9205886 9205897 -82 -71

Y Patch TCTTCTCC + 9205926 9205933 -42 -35

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATATAAAAA`	+	9205850	9205863	-118	-105
Y Patch	`CCTTCCTCT`	+	9205837	9205845	-131	-123
Y Patch	`CTTCTCTCTCTT`	+	9205886	9205897	-82	-71
Y Patch	`TCTTCTCC`	+	9205926	9205933	-42	-35
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTTGGGCTGGGCTGA + 9205755 9205770 -213 -198

AtREG474 GTTTGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG454      GGCTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG609         TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ACCCTAGA + 9205816 9205823 -152 -145

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTTGGGCTGGGCTGA`		+	9205755	9205770	-213	-198
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG454	`GGCTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ACCCTAGA`		+	9205816	9205823	-152	-145
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None