PlantPromoterDB promoter information of AT1G27630.1

Summary of Gene (AT1G27630.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G27630 TAIR NCBI
Gene model	AT1G27630.1
Description	CYCLIN T 1;3 (CYCT1;3); FUNCTIONS IN: cyclin-dependent protein kinase activity; INVOLVED IN: regulation of cell cycle; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Transcription regulator cyclin (InterPro:IPR015429), Cyclin-related (InterPro:IPR013763), Cyclin, N-terminal (InterPro:IPR006671), Cyclin (InterPro:IPR006670); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclin family protein (TAIR:AT5G45190.1); Has 1136 Blast hits to 1136 proteins in 163 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 700; Fungi - 230; Plants - 139; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 67 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 9610647-9611846)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G27630.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G27630.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 15 + 9611108 -539

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	15	+	9611108	-539

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 9611103 -544

TSS clone C clone + 9611115 -532

TSS clone G clone + 9611122 -525

TSS clone T clone + 9611124 -523

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	9611103	-544
TSS clone	`C`	clone	+	9611115	-532
TSS clone	`G`	clone	+	9611122	-525
TSS clone	`T`	clone	+	9611124	-523

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATAAATA + 9611071 9611080 -576 -567

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATAAATA`	+	9611071	9611080	-576	-567
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAACGACAC + 9610982 9610991 -665 -656

AtREG520 AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527   AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

REG GAAGCCCATAT + 9611005 9611015 -642 -632

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAGTCAAAGCCCATAT + 9611050 9611066 -597 -581

AtREG632 AAAGTCAA          PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

AtREG559      CAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376       AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378        AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477         AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432          GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAACGACAC`		+	9610982	9610991	-665	-656
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`AACGACAC`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GAAGCCCATAT`		+	9611005	9611015	-642	-632
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAGTCAAAGCCCATAT`		+	9611050	9611066	-597	-581
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None