version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G29050

Summary of Gene (AT1G29050)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G29050  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G29050  
Description unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF231, plant (InterPro:IPR004253); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G34070.1); Has 710 Blast hits to 699 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 709; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10147632-10146433)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G29050                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence










 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G29050

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8-10139147-65
TSS peakC8-10139125-43

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-10139204-122
TSS cloneAclone-10139124-42
TSS cloneAclone-10139085-3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTGTATAAAAG-1013915110139160-69-78
TATA BoxCATATATACA-1013917310139182-91-100
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGTGGCAT-1013933110139338-249-256
 AtREG448CGTGGCATABA, DREB1Aox PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAATTGGG+1014740110147408AT1G29060.1
 AtREG600TAATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATCGGCCCGTTAAAAAAGCCCATAA+1014751710147541AT1G29060.1
 AtREG555ATCGGCCC                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG401   GGCCCGTT               PPDB MotifAAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG399    GCCCGTTA              PPDB MotifACGGGC  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG610      CCGTTAAA            PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG589            AAAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409             AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376              AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378               AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477                AGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG394                 GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAAACGCC+1014763110147639AT1G29060.1
 AtREG564TAAAACGC  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG650 AAAACGCC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.