PlantPromoterDB promoter information of AT1G29050

Summary of Gene (AT1G29050)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G29050 TAIR NCBI
Gene model	AT1G29050
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF231, plant (InterPro:IPR004253); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G34070.1); Has 710 Blast hits to 699 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 709; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10148582-10147383)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G29050 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G29060.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G29050

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 10139147 -65

TSS peak C 8 - 10139125 -43

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	10139147	-65
TSS peak	`C`	8	-	10139125	-43

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 10139204 -122

TSS clone A clone - 10139124 -42

TSS clone A clone - 10139085 -3

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	10139204	-122
TSS clone	`A`	clone	-	10139124	-42
TSS clone	`A`	clone	-	10139085	-3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATAAAAG - 10139151 10139160 -69 -78

TATA Box CATATATACA - 10139173 10139182 -91 -100

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATAAAAG`	-	10139151	10139160	-69	-78
TATA Box	`CATATATACA`	-	10139173	10139182	-91	-100
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGGCAT - 10139331 10139338 -249 -256

AtREG448 CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGGCAT`		-	10139331	10139338	-249	-256
	AtREG448	`CGTGGCAT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 10147693 AT1G29060.1

TSS clone peak T clone + 10147694 AT1G29060.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	10147693	AT1G29060.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	10147694	AT1G29060.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAATTGGG + 10147401 10147408 AT1G29060.1

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCGGCCCGTTAAAAAAGCCCATAA + 10147517 10147541 AT1G29060.1

AtREG555 ATCGGCCC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG401    GGCCCGTT               PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG399     GCCCGTTA              PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG610       CCGTTAAA            PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG589             AAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409              AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376               AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477                 AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394                  GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAACGCC + 10147631 10147639 AT1G29060.1

AtREG564 TAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG650 AAAACGCC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif