version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G29390.2

Summary of Gene (AT1G29390.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G29390  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G29390.2  
Description encodes a protein similar to the cold acclimation protein WCOR413 in wheat. Possibly targeted to thylakoid membrane.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10288668-10287469)

Genome position     
from initiation codon
AT1G29390.1         
AT1G29395.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G29390.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G29390.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakTclone-10287897-229
TSS clone peakAclone-10287858-190

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTTC-1028783610287843-168-175
Y PatchTCTCTCAT-1028785710287864-189-196
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTAACGG-1028792810287935-260-267
 AtREG610TTTAACGG PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGGTCCACGTAG-1028796610287975-298-307
 AtREG513GTCCACGT  ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG495  CCACGTAG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGTTATGGGCCC-1028800810288017-340-349
 AtREG394TTATGGGC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG364 TATGGGCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391  ATGGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTAAACGACTGTCGTTTT-1028803010288046-362-378
 AtREG565TAAACGAC          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569        TGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG520         GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTACGTGG-1028811310288120-445-452
 AtREG495CTACGTGG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGGCTGACGTGGAA-1028812310288134-455-466
 AtREG515GCTGACGT    SA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG440 CTGACGTG   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG419  TGACGTGG   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG627    ACGTGGAA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.