PlantPromoterDB promoter information of AT1G29880.1

Summary of Gene (AT1G29880.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G29880 TAIR NCBI
Gene model	AT1G29880.1
Description	glycyl-tRNA synthetase / glycine--tRNA ligase; FUNCTIONS IN: glycine-tRNA ligase activity, nucleotide binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, glycyl-tRNA aminoacylation; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G, H, P and S), conserved region (InterPro:IPR002314), WHEP-TRS (InterPro:IPR000738), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved region (InterPro:IPR006195), Glycyl-tRNA synthetase, alpha2 dimer (InterPro:IPR002315), Anticodon-binding (InterPro:IPR004154), Glycyl-tRNA synthetase, alpha2 dimer, C-terminal (InterPro:IPR018160), S15/NS1, RNA-binding (InterPro:IPR009068); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tRNA synthetase class II (G, H, P and S) family protein (TAIR:AT1G29870.1); Has 4267 Blast hits to 3231 proteins in 634 species: Archae - 169; Bacteria - 1528; Metazoa - 158; Fungi - 116; Plants - 33; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2263 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10463781-10462582)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G29880.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G29890.1 AT1G29890.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G29880.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 10462795 -14

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	10462795	-14

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 10462801 -20

TSS clone A clone - 10462798 -17

TSS clone A clone - 10462795 -14

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	10462801	-20
TSS clone	`A`	clone	-	10462798	-17
TSS clone	`A`	clone	-	10462795	-14

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCT - 10462767 10462774 14 7

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCT`	-	10462767	10462774	14	7
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTGGGCCCAAA - 10462848 10462859 -67 -78

AtREG505 CTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422   TGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392 TTGGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTATTGGG - 10462892 10462899 -111 -118

AtREG417 TTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTGGGCCCAAA`		-	10462848	10462859	-67	-78
	AtREG505	`CTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTATTGGG`		-	10462892	10462899	-111	-118
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 10463416 AT1G29890.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	10463416	AT1G29890.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 10463463 AT1G29890.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	10463463	AT1G29890.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTCTTCTTCTTCTTC + 10463397 10463415 AT1G29890.2

Y Patch TCTCTCTCTTC + 10463445 10463455 AT1G29890.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTCTTCTTCTTCTTC`	+	10463397	10463415	AT1G29890.2
Y Patch	`TCTCTCTCTTC`	+	10463445	10463455	AT1G29890.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAACGACGTC + 10463337 10463347 AT1G29890.2

AtREG520 AAAACGAC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431    ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT