version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G30230.1

Summary of Gene (AT1G30230.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G30230  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G30230.1  
Description elongation factor 1-beta / EF-1-beta; FUNCTIONS IN: translation elongation factor activity; INVOLVED IN: translational elongation; LOCATED IN: plasma membrane, eukaryotic translation elongation factor 1 complex; EXPRESSED IN: guard cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 (InterPro:IPR014717), Translation elongation factor EF1B, beta and delta chains, guanine nucleotide exchange (InterPro:IPR014038), Glutathione S-transferase, C-terminal-like (InterPro:IPR010987), Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site (InterPro:IPR001326); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: elongation factor 1-beta, putative / EF-1-beta, putative (TAIR:AT2G18110.1); Has 758 Blast hits to 758 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 410; Fungi - 111; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 128 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10638286-10639485)

Genome position     
from initiation codon
AT1G30230.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G30230.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence










 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G30230.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA13+10638915-371
TSS peakA5+10639281-5

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+10638914-372
TSS cloneTclone+10638916-370
TSS cloneCclone+10638917-369
TSS cloneCclone+10638918-368
TSS cloneTclone+10638919-367
TSS cloneTclone+10638921-365
TSS cloneCclone+10638923-363
TSS cloneTclone+10638924-362
TSS cloneGclone+10638925-361
TSS cloneCclone+10638926-360
TSS cloneTclone+10638928-358
TSS cloneCclone+10638930-356
TSS cloneTclone+10638931-355
TSS cloneCclone+10638938-348
TSS cloneAclone+10638951-335
TSS cloneCclone+10639278-8

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTTCT+1063891710638924-369-362
Y PatchCCTCCTCCTTC+1063892610638936-360-350
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCTTAACCGGTTTAT+1063877410638787-512-499
 AtREG605CTTAACCG       PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG501 TTAACCGG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG503  TAACCGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG436    ACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412     CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598      CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTAAAGCCCAC+1063880110638810-485-476
 AtREG365TAAAGCCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG518  AAGCCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGGGCCTAAC+1063882610638833-460-453
 AtREG535GGCCTAAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAATTGGGCCAC+1063884210638853-444-433
 AtREG600TAATTGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG418 AATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420   TTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG445    TGGGCCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGCCAC, GGGCC, TGGGCY 
REGTATAGGCCCACTA+1063885510638867-431-419
 AtREG487TATAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362 ATAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG482   AGGCCCAC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG532     GCCCACTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone

Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.