PlantPromoterDB promoter information of AT1G30750

Summary of Gene (AT1G30750)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G30750 TAIR NCBI
Gene model	AT1G30750
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: hypocotyl, root, pollen tube; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1720 (InterPro:IPR013182); Has 1056 Blast hits to 518 proteins in 153 species: Archae - 0; Bacteria - 268; Metazoa - 168; Fungi - 142; Plants - 17; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 445 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10906688-10905489)

`Genome position from initiation codon` `AT1G30750.1 AT1G30755.1 TSS from cDNA TSS information AT1G30750 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G30750

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 10906585 -897

TSS peak A 13 - 10905707 -19

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	10906585	-897
TSS peak	`A`	13	-	10905707	-19

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTCTATAAGT - 10905735 10905745 -47 -57

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTCTATAAGT`	-	10905735	10905745	-47	-57
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAACCGGTTTT - 10905960 10905970 -272 -282

AtREG528 GAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   ACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542    CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTTCGGTTT - 10905973 10905981 -285 -293

AtREG556 GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAACCGGTTTT`		-	10905960	10905970	-272	-282
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GTTCGGTTT`		-	10905973	10905981	-285	-293
	AtREG556	`GTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None