PlantPromoterDB promoter information of AT1G30880.1

Summary of Gene (AT1G30880.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G30880 TAIR NCBI
Gene model	AT1G30880.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 19 Blast hits to 19 proteins in 6 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 17; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10995056-10993857)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G30880.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G30890.1 AT1G30890.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G30880.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 7 - 10994095 -39

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	7	-	10994095	-39

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 10994125 -69

TSS clone C clone - 10994101 -45

TSS clone C clone - 10994100 -44

TSS clone T clone - 10994099 -43

TSS clone G clone - 10994095 -39

TSS clone C clone - 10994094 -38

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	10994125	-69
TSS clone	`C`	clone	-	10994101	-45
TSS clone	`C`	clone	-	10994100	-44
TSS clone	`T`	clone	-	10994099	-43
TSS clone	`G`	clone	-	10994095	-39
TSS clone	`C`	clone	-	10994094	-38

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTTATAAAAG - 10994126 10994136 -70 -80

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTTATAAAAG`	-	10994126	10994136	-70	-80
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAACCGGA - 10994168 10994175 -112 -119

AtREG579 GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATTTGGGCCTAAATTGGGCCAAT - 10994233 10994255 -177 -199

AtREG421 ATTTGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430      GGCCTAAA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG418            AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352             ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420              TTGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484               TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446                GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AAGGGTATT - 10994291 10994299 -235 -243

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG567 AGGGTATT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAACCGGA`		-	10994168	10994175	-112	-119
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCTAAATTGGGCCAAT`		-	10994233	10994255	-177	-199
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AAGGGTATT`		-	10994291	10994299	-235	-243
	AtREG623	`AAGGGTAT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG567	`AGGGTATT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak C 4 + 10994345 AT1G30890.1, AT1G30890.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`C`	4	+	10994345	AT1G30890.1, AT1G30890.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 10994322 AT1G30890.1, AT1G30890.2

TSS clone A clone + 10994346 AT1G30890.1, AT1G30890.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	10994322	AT1G30890.1, AT1G30890.2
TSS clone	`A`	clone	+	10994346	AT1G30890.1, AT1G30890.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTC + 10994296 10994303 AT1G30890.1, AT1G30890.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTC`	+	10994296	10994303	AT1G30890.1, AT1G30890.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCCGGTTC + 10994168 10994175 AT1G30890.1, AT1G30890.2

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATTGGCCCAATTTAGGCCCAAAT + 10994233 10994255 AT1G30890.1, AT1G30890.2

AtREG446 ATTGGCCC                CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG484 TTGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TGGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418     GCCCAATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG430           TTTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360            TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358             TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356              AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373               GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421                GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATACCCTT + 10994291 10994299 AT1G30890.1, AT1G30890.2

AtREG567 AATACCCT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif