PlantPromoterDB promoter information of AT1G31240.1

Summary of Gene (AT1G31240.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G31240 TAIR NCBI
Gene model	AT1G31240.1
Description	DNA binding; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone-fold (InterPro:IPR009072), Bromodomain transcription factor (InterPro:IPR006565); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TAF8 (TBP-ASSOCIATED FACTOR 8); DNA binding (TAIR:AT4G34340.1); Has 104 Blast hits to 104 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 56; Fungi - 0; Plants - 46; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11165898-11164699)

`Genome position from initiation codon` `AT1G31245.1 TSS from cDNA TSS information AT1G31240.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G31240.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 11164986 -88

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	11164986	-88

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 11164928 -30

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	11164928	-30

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGGCTT - 11165040 11165047 -142 -149

AtREG608 CGTGGCTT ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TGGGCTCAAACCGGTC - 11165135 11165150 -237 -252

AtREG485 TGGGCTCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG496       CAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436        AAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG552         AACCGGTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACCGGTTCGCCGGTTTT - 11165233 11165249 -335 -351

AtREG528 ACCGGTTC          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423 CCGGTTCG         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542          CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGGCTT`		-	11165040	11165047	-142	-149
	AtREG608	`CGTGGCTT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`TGGGCTCAAACCGGTC`		-	11165135	11165150	-237	-252
	AtREG485	`TGGGCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG496	`CAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG552	`AACCGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ACCGGTTCGCCGGTTTT`		-	11165233	11165249	-335	-351
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None