PlantPromoterDB promoter information of AT1G31420.1

Summary of Gene (AT1G31420.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G31420 TAIR NCBI
Gene model	AT1G31420.1
Description	Encodes a plasma membrane localized leucine-rich repeat receptor kinase that is involved in cell wall elongation. Loss of function mutations of FEI1 and FEI2 exhibit defects in root and hypocotyl cell elongation. Double mutants are defective in cell wall biosynthesis and have thick hypocotyls, and short, thick roots.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11249360-11250559)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G31420.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G31420.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 11249650 -710

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	11249650	-710

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 11249618 -742

TSS clone C clone + 11249651 -709

TSS clone A clone + 11249709 -651

TSS clone T clone + 11249710 -650

TSS clone T clone + 11249799 -561

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	11249618	-742
TSS clone	`C`	clone	+	11249651	-709
TSS clone	`A`	clone	+	11249709	-651
TSS clone	`T`	clone	+	11249710	-650
TSS clone	`T`	clone	+	11249799	-561

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTTCTTC + 11249618 11249631 -742 -729

Y Patch CTCTCTCTCTCTC + 11249637 11249649 -723 -711

Y Patch TTTCTCTCTCTTC + 11249658 11249670 -702 -690

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTTC`	+	11249618	11249631	-742	-729
Y Patch	`CTCTCTCTCTCTC`	+	11249637	11249649	-723	-711
Y Patch	`TTTCTCTCTCTTC`	+	11249658	11249670	-702	-690
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAACCGGTTCAA + 11249393 11249405 -967 -955

AtREG496 CAAACCGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528    ACCGGTTC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480     CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG640      CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TGGGCTTAT + 11249415 11249423 -945 -937

AtREG426 TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462 GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAATGGGCCTTAAAAATGGGCCCAATG + 11249428 11249454 -932 -906

AtREG357 TAATGGGC                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC     AATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416      GGCCTTAA               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG386              AAATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG391                ATGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422                 TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392                  GGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461                    GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAATTGGG + 11249505 11249512 -855 -848

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGACACGTGTG + 11249534 11249544 -826 -816

AtREG389 TGACACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366 GACACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG460    CACGTGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG CACGTGCG + 11249560 11249567 -800 -793

AtREG541 CACGTGCG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAACCGGTTCAA`		+	11249393	11249405	-967	-955
	AtREG496	`CAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG640	`CGGTTCAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TGGGCTTAT`		+	11249415	11249423	-945	-937
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAATGGGCCTTAAAAATGGGCCCAATG`		+	11249428	11249454	-932	-906
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAATTGGG`		+	11249505	11249512	-855	-848
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGACACGTGTG`		+	11249534	11249544	-826	-816
	AtREG389	`TGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG366	`GACACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG460	`CACGTGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
REG	`CACGTGCG`		+	11249560	11249567	-800	-793
	AtREG541	`CACGTGCG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None