PlantPromoterDB promoter information of AT1G31730.1

Summary of Gene (AT1G31730.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G31730 TAIR NCBI
Gene model	AT1G31730.1
Description	epsilon-adaptin, putative; FUNCTIONS IN: protein binding, clathrin binding, binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: membrane coat; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Adaptor protein complex AP-4, epsilon subunit (InterPro:IPR017109), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal (InterPro:IPR002553); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GAMMA-ADAPTIN 1 (GAMMA-ADAPTIN 1); binding / clathrin binding / protein binding / protein transporter (TAIR:AT1G23900.2); Has 4111 Blast hits to 2632 proteins in 228 species: Archae - 0; Bacteria - 67; Metazoa - 1478; Fungi - 596; Plants - 220; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1747 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11358907-11360106)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G31730.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G31730.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 11359644 -263

TSS peak A 2 + 11359853 -54

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	11359644	-263
TSS peak	`A`	2	+	11359853	-54

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 11359642 -265

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	11359642	-265

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTCTCTCCTTC + 11359646 11359660 -261 -247

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTCTCTCCTTC`	+	11359646	11359660	-261	-247
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACCGAA + 11359405 11359412 -502 -495

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAACCA + 11359434 11359443 -473 -464

AtREG556 AACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655   CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

REG CCAAACCGAA + 11359465 11359474 -442 -433

AtREG550 CCAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAACCGGATTCCGGTTAAA + 11359508 11359527 -399 -380

AtREG542 AAAACCGG             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561   AACCGGAT           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534          TTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621           TCCGGTTA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501            CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG645             CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG ACACGCGTGT + 11359549 11359558 -358 -349

AtREG536 ACACGCGTGT ABA, Drought PPDB Motif PLACE Motif ACACNNG

REG CTATTGGG + 11359573 11359580 -334 -327

AtREG624 CTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACCGAA`		+	11359405	11359412	-502	-495
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGAACCA`		+	11359434	11359443	-473	-464
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCAAACCGAA`		+	11359465	11359474	-442	-433
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAAACCGGATTCCGGTTAAA`		+	11359508	11359527	-399	-380
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`ACACGCGTGT`		+	11359549	11359558	-358	-349
	AtREG536	`ACACGCGTGT`	ABA, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif	`ACACNNG`
REG	`CTATTGGG`		+	11359573	11359580	-334	-327
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None