PlantPromoterDB promoter information of AT1G31930.1

Summary of Gene (AT1G31930.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G31930 TAIR NCBI
Gene model	AT1G31930.1
Description	Encodes XLG3 (extra-large G protein 3) that shows significant similarity to the G protein alpha subunit in its C terminal region. Involved in the regulation of root morphological and growth responses.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11464832-11466031)

`Genome position from initiation codon` `AT1G31930.2 TSS from cDNA TSS information AT1G31930.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G31930.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 11465058 -774

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	11465058	-774

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 11465014 -818

TSS clone T clone + 11465603 -229

TSS clone G clone + 11465774 -58

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	11465014	-818
TSS clone	`T`	clone	+	11465603	-229
TSS clone	`G`	clone	+	11465774	-58

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATA + 11465017 11465024 -815 -808

Y Patch CATCTCTC + 11465013 11465020 -819 -812

Y Patch CGTCTCTC + 11465033 11465040 -799 -792

Y Patch CTTTCTCC + 11465050 11465057 -782 -775

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATA`	+	11465017	11465024	-815	-808
Y Patch	`CATCTCTC`	+	11465013	11465020	-819	-812
Y Patch	`CGTCTCTC`	+	11465033	11465040	-799	-792
Y Patch	`CTTTCTCC`	+	11465050	11465057	-782	-775
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCGCGTG + 11464839 11464846 -993 -986

AtREG486 GGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG ATTGCCACGCGCTT + 11464939 11464952 -893 -880

AtREG654 ATTGCCAC       PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG452 TTGCCACG      PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG381      CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG492       ACGCGCTT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG GTGGGTCC + 11464992 11464999 -840 -833

AtREG523 GTGGGTCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCGCGTG`		+	11464839	11464846	-993	-986
	AtREG486	`GGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`ATTGCCACGCGCTT`		+	11464939	11464952	-893	-880
	AtREG654	`ATTGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG452	`TTGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG492	`ACGCGCTT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`GTGGGTCC`		+	11464992	11464999	-840	-833
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None