PlantPromoterDB promoter information of AT1G32220

Summary of Gene (AT1G32220)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G32220 TAIR NCBI
Gene model	AT1G32220
Description	binding / catalytic/ coenzyme binding; FUNCTIONS IN: coenzyme binding, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast, plastoglobule; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: binding / catalytic/ coenzyme binding (TAIR:AT5G10730.1); Has 499 Blast hits to 498 proteins in 184 species: Archae - 8; Bacteria - 193; Metazoa - 18; Fungi - 98; Plants - 68; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 114 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11626988-11628187)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G32220 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G32240.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G32220

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 11607912 -126

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	11607912	-126

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 11607903 -135

TSS clone A clone + 11607922 -116

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	11607903	-135
TSS clone	`A`	clone	+	11607922	-116

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTCC + 11607944 11607953 -94 -85

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTCC`	+	11607944	11607953	-94	-85
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCGTTTA + 11607733 11607740 -305 -298

AtREG565 GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG GATGACGTCGTTTA + 11607766 11607779 -272 -259

AtREG578 GATGACGT       ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431    GACGTCGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG493     ACGTCGTT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415      CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565       GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGCCTAT + 11607786 11607793 -252 -245

AtREG362 GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATTTGGGCTTTA + 11607804 11607815 -234 -223

AtREG421 ATTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACGGCGTCGTTTT + 11607828 11607841 -210 -197

AtREG497 AACGGCGT       PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

AtREG540 ACGGCGTC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537    GGCGTCGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439     GCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415      CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520       GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCGTTTA`		+	11607733	11607740	-305	-298
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GATGACGTCGTTTA`		+	11607766	11607779	-272	-259
	AtREG578	`GATGACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG431	`GACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG493	`ACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGGCCTAT`		+	11607786	11607793	-252	-245
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATTTGGGCTTTA`		+	11607804	11607815	-234	-223
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACGGCGTCGTTTT`		+	11607828	11607841	-210	-197
	AtREG497	`AACGGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG540	`ACGGCGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG537	`GGCGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG439	`GCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None