PlantPromoterDB promoter information of AT1G32380.1

Summary of Gene (AT1G32380.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G32380 TAIR NCBI
Gene model	AT1G32380.1
Description	ribose-phosphate pyrophosphokinase 2 / phosphoribosyl diphosphate synthetase 2 (PRS2); FUNCTIONS IN: magnesium ion binding, ribose phosphate diphosphokinase activity; INVOLVED IN: cellular biosynthetic process, nucleotide biosynthetic process, nucleoside metabolic process, ribonucleoside monophosphate biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoribosyltransferase (InterPro:IPR000836), Phosphoribosyl pyrophosphokinase (InterPro:IPR005946), Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site (InterPro:IPR000842); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribose-phosphate pyrophosphokinase 1 / phosphoribosyl diphosphate synthetase 1 (PRSI) (TAIR:AT2G35390.2); Has 8056 Blast hits to 7889 proteins in 1556 species: Archae - 182; Bacteria - 3337; Metazoa - 501; Fungi - 457; Plants - 129; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 3443 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11681033-11682232)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G32380.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G32380.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 11681760 -273

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	11681760	-273

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 11681752 -281

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	11681752	-281

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATGACACGTA + 11681645 11681654 -388 -379

AtREG438 ATGACACG   ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG389 TGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG557   GACACGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG AAACGACACC + 11681697 11681706 -336 -327

AtREG569 AAACGACA   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527 AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG599   ACGACACC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATGACACGTA`		+	11681645	11681654	-388	-379
	AtREG438	`ATGACACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG389	`TGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG557	`GACACGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`AAACGACACC`		+	11681697	11681706	-336	-327
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`AACGACAC`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG599	`ACGACACC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None