PlantPromoterDB promoter information of AT1G32530.1

Summary of Gene (AT1G32530.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G32530 TAIR NCBI
Gene model	AT1G32530.1
Description	zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein binding / zinc ion binding (TAIR:AT2G35330.1); Has 33581 Blast hits to 21216 proteins in 1196 species: Archae - 227; Bacteria - 3237; Metazoa - 17526; Fungi - 2016; Plants - 985; Viruses - 132; Other Eukaryotes - 9458 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11763386-11762187)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G32530.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G32530.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCTT - 11762573 11762581 -187 -195

Y Patch TTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC - 11762608 11762631 -222 -245

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCTT`	-	11762573	11762581	-187	-195
Y Patch	`TTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC`	-	11762608	11762631	-222	-245
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACCGAA - 11762638 11762645 -252 -259

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAATGGGCTCAAAGCCCATAA - 11762677 11762697 -291 -311

AtREG357 TAATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485    TGGGCTCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559          CAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376           AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378            AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477             AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394              GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATATGGGCCCAAAT - 11762711 11762725 -325 -339

AtREG620 TATATGGG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391    ATGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422     TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392      GGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373       GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421        GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAACGCTG - 11762742 11762751 -356 -365

AtREG564 TAAAACGC   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG626   AAACGCTG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CCAAACCGAA - 11762848 11762857 -462 -471

AtREG550 CCAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACCGAA`		-	11762638	11762645	-252	-259
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TAATGGGCTCAAAGCCCATAA`		-	11762677	11762697	-291	-311
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG485	`TGGGCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATATGGGCCCAAAT`		-	11762711	11762725	-325	-339
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAAACGCTG`		-	11762742	11762751	-356	-365
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG626	`AAACGCTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CCAAACCGAA`		-	11762848	11762857	-462	-471
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None