version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G32560.1

Summary of Gene (AT1G32560.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G32560  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G32560.1  
Description late embryogenesis abundant group 1 domain-containing protein / LEA group 1 domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: embryonic development ending in seed dormancy, embryonic development; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: stem; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Late embryogenesis abundant (LEA) group 1 (InterPro:IPR005513); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: late embryogenesis abundant group 1 domain-containing protein / LEA group 1 domain-containing protein (TAIR:AT2G35300.1); Has 190 Blast hits to 190 proteins in 38 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 41; Fungi - 0; Plants - 145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 11773528-11774727)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G32560.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT1G32550.1         
AT1G32550.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G32560.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+11774485-43
TSS clone peakGclone+11774489-39

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATAAACCGGAAA+1177422511774236-303-292
 AtREG598ATAAACCG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534   AACCGGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG644    ACCGGAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTTCCGGTTTAC+1177425211774263-276-265
 AtREG644TTTCCGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534 TTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412   CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG519    CGGTTTAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGATTAGGCC+1177431911774326-209-202
 AtREG506ATTAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTACGTGGCAA+1177433911774349-189-179
 AtREG495CTACGTGG    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG413 TACGTGGC   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG379  ACGTGGCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG452   CGTGGCAA PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGAGACACGTGGCGA+1177437711774389-151-139
 AtREG470AGACACGT     ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366 GACACGTG    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG382  ACACGTGG   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG367   CACGTGGC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG371    ACGTGGCG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG471     CGTGGCGAABA PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGAACACGTGGAA+1177439711774407-131-121
 AtREG590AACACGTG   ABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG382 ACACGTGG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG408  CACGTGGA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG627   ACGTGGAA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA13-11774187AT1G32550.1, AT1G32550.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-11774180AT1G32550.1, AT1G32550.2
TSS cloneTclone-11774175AT1G32550.1, AT1G32550.2
TSS cloneAclone-11774163AT1G32550.1, AT1G32550.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTC-1177416511774172AT1G32550.1, AT1G32550.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTTCCGGTTT-1177422711774236AT1G32550.1, AT1G32550.2
 AtREG644TTTCCGGT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534 TTCCGGTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  TCCGGTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTAAACCGGAAA-1177425211774263AT1G32550.1, AT1G32550.2
 AtREG519GTAAACCG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534   AACCGGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG644    ACCGGAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGGCCTAAT-1177431911774326AT1G32550.1, AT1G32550.2
 AtREG506GGCCTAAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTGCCACGTAG-1177433911774349AT1G32550.1, AT1G32550.2
 AtREG452TTGCCACG    PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGT  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG413  GCCACGTA  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG495   CCACGTAG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGTCGCCACGTGTCT-1177437711774389AT1G32550.1, AT1G32550.2
 AtREG471TCGCCACG     ABA PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG371 CGCCACGT    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG367  GCCACGTG   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG382   CCACGTGT  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG366    CACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG470     ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGTTCCACGTGTT-1177439711774407AT1G32550.1, AT1G32550.2
 AtREG627TTCCACGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG408 TCCACGTG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG382  CCACGTGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG590   CACGTGTTABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.