version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G33120.1

Summary of Gene (AT1G33120.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G33120  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G33120.1  
Description 60S ribosomal protein L9 (RPL90B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: fruit, cultured cell, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L6 (InterPro:IPR000702), Ribosomal protein L6, conserved site-2 (InterPro:IPR002359); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PGY2 (PIGGYBACK2); structural constituent of ribosome (TAIR:AT1G33140.1); Has 1242 Blast hits to 1241 proteins in 345 species: Archae - 226; Bacteria - 118; Metazoa - 305; Fungi - 113; Plants - 279; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 201 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 12009986-12011185)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G33120.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G33120.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+12010902-84
TSS cloneGclone+12010906-80
TSS cloneCclone+12010907-79
TSS cloneGclone+12010909-77
TSS cloneTclone+12010910-76
TSS cloneCclone+12010911-75
TSS cloneAclone+12010927-59
TSS cloneGclone+12010928-58
TSS cloneGclone+12010929-57
TSS cloneGclone+12010930-56
TSS cloneTclone+12010931-55
TSS cloneTclone+12010932-54
TSS cloneTclone+12010935-51
TSS cloneAclone+12010939-47
TSS cloneTclone+12010940-46
TSS cloneAclone+12010942-44
TSS clone peakAclone+12010943-43

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCCTCT+1201091912010926-67-60
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACGCCGTCATTT+1201069912010711-287-275
 AtREG540GACGCCGT      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG657     CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAGCCCAATAT+1201075012010759-236-227
 AtREG402AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355 GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509  CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTTAACGGGCCATGGGCTTAT+1201076112010781-225-205
 AtREG610TTTAACGG              PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG399  TAACGGGC            PPDB MotifACGGGC  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG401   AACGGGCC           PPDB MotifAAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG507         CCATGGGC     PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 AtREG378           ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426            TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462             GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATGGGC+1201081712010824-169-162
 AtREG394TTATGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAGTGGGCTGA+1201083212010842-154-144
 AtREG532TAGTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG510 AGTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG609   TGGGCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTAAAGGCCCACA+1201085012010861-136-125
 AtREG467TAAAGGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359 AAAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG482   AGGCCCAC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG612    GGCCCACADREB1Aox PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone

Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.