PlantPromoterDB promoter information of AT1G33265.1

Summary of Gene (AT1G33265.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G33265 TAIR NCBI
Gene model	AT1G33265.1
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0136, Transmembrane (InterPro:IPR005349); Has 119 Blast hits to 119 proteins in 43 species: Archae - 0; Bacteria - 27; Metazoa - 33; Fungi - 2; Plants - 51; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 12065662-12066861)

`Genome position from initiation codon` `AT1G33260.1 AT1G33260.2 TSS from cDNA TSS information AT1G33265.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G33265.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 12066647 -15

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	12066647	-15

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 12066653 -9

TSS clone A clone + 12066654 -8

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	12066653	-9
TSS clone	`A`	clone	+	12066654	-8

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTC + 12066628 12066635 -34 -27

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTC`	+	12066628	12066635	-34	-27
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAACCGGTTTGG + 12066385 12066396 -277 -266

AtREG503 TAACCGGT     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG436   ACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496    CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG550     CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAACCGAA + 12066409 12066416 -253 -246

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAACCGAA + 12066528 12066535 -134 -127

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAAC + 12066547 12066554 -115 -108

AtREG556 AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCAAACCGAA + 12066575 12066584 -87 -78

AtREG550 CCAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAACCGGTTTGG`		+	12066385	12066396	-277	-266
	AtREG503	`TAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG550	`CGGTTTGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		+	12066409	12066416	-253	-246
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		+	12066528	12066535	-134	-127
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGAAC`		+	12066547	12066554	-115	-108
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCAAACCGAA`		+	12066575	12066584	-87	-78
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None