PlantPromoterDB promoter information of AT1G33980.2

Summary of Gene (AT1G33980.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G33980 TAIR NCBI
Gene model	AT1G33980.2
Description	Involved in mRNA surveillance, detects exported mRNAs with truncated open reading frames and initiates nonsense-mediated mRNA decay (NMD)

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 12350719-12351918)

`Genome position from initiation codon` `AT1G33980.1 TSS from cDNA TSS information AT1G33980.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G33970.1 AT1G33970.2 AT1G33970.3 AT1G33970.4 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G33980.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 12351595 -124

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	12351595	-124

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAGCCCAATAACAAGCCCATTT + 12351403 12351425 -316 -294

AtREG426 TAAGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG525             CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378              AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372               AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386                GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCGTCCGA + 12351451 12351458 -268 -261

AtREG594 CCGTCCGA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAGGCCCATTAGAGGCCCATATA + 12351495 12351519 -224 -200

AtREG416 TTAAGGCC                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT   AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558       CCCATTAG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG411             AGAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447              GAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364                GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432                 GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620                  CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAGCCCAATAACAAGCCCATTT`		+	12351403	12351425	-316	-294
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCGTCCGA`		+	12351451	12351458	-268	-261
	AtREG594	`CCGTCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTAAGGCCCATTAGAGGCCCATATA`		+	12351495	12351519	-224	-200
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG411	`AGAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG447	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None