PlantPromoterDB promoter information of AT1G34190.1

Summary of Gene (AT1G34190.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G34190 TAIR NCBI
Gene model	AT1G34190.1
Description	Arabidopsis NAC domain containing protein 17 (anac017); FUNCTIONS IN: transcription factor activity; INVOLVED IN: multicellular organismal development, regulation of transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: anac016 (Arabidopsis NAC domain containing protein 16); transcription factor (TAIR:AT1G34180.1); Has 1572 Blast hits to 1562 proteins in 56 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1564; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 12450729-12451928)

`Genome position from initiation codon` `AT1G34180.1 AT1G34180.2 TSS from cDNA TSS information AT1G34190.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G34190.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 + 12451451 -278

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	+	12451451	-278

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 12451452 -277

TSS clone A clone + 12451453 -276

TSS clone A clone + 12451455 -274

TSS clone A clone + 12451463 -266

TSS clone T clone + 12451490 -239

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	12451452	-277
TSS clone	`A`	clone	+	12451453	-276
TSS clone	`A`	clone	+	12451455	-274
TSS clone	`A`	clone	+	12451463	-266
TSS clone	`T`	clone	+	12451490	-239

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCTC + 12451490 12451499 -239 -230

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCTC`	+	12451490	12451499	-239	-230
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAATGGGCCTGT + 12451328 12451340 -401 -389

AtREG546 ATAATGGG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG433      GGGCCTGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTAATGGGCCTGA + 12451345 12451357 -384 -372

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374      GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GCCCAGTA + 12451373 12451380 -356 -349

AtREG434 GCCCAGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAATGGGCCTGT`		+	12451328	12451340	-401	-389
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG433	`GGGCCTGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTAATGGGCCTGA`		+	12451345	12451357	-384	-372
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GCCCAGTA`		+	12451373	12451380	-356	-349
	AtREG434	`GCCCAGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None