PlantPromoterDB promoter information of AT1G44575

Summary of Gene (AT1G44575)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G44575 TAIR NCBI
Gene model	AT1G44575
Description	Encoding PSII-S (CP22), a ubiquitous pigment-binding protein associated with photosystem II (PSII) of higher plants. Involved in nonphotochemical quenching rather than in photosynthesis. Mutant has a normal violaxanthin cycle but has a limited capacity of quenching singlet excited chlorophylls and is tolerant to lipid peroxidation.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 16870768-16871967)

`Genome position from initiation codon` `AT1G44575.1 AT1G44575.2 TSS from cDNA TSS information AT1G44575 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G44575

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 31 + 16871761 -7

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	31	+	16871761	-7

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 16871721 -47

TSS clone A clone + 16871726 -42

TSS clone C clone + 16871729 -39

TSS clone A clone + 16871730 -38

TSS clone A clone + 16871731 -37

TSS clone T clone + 16871756 -12

TSS clone T clone + 16871759 -9

TSS clone A clone + 16871761 -7

TSS clone G clone + 16871762 -6

TSS clone G clone + 16871766 -2

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	16871721	-47
TSS clone	`A`	clone	+	16871726	-42
TSS clone	`C`	clone	+	16871729	-39
TSS clone	`A`	clone	+	16871730	-38
TSS clone	`A`	clone	+	16871731	-37
TSS clone	`T`	clone	+	16871756	-12
TSS clone	`T`	clone	+	16871759	-9
TSS clone	`A`	clone	+	16871761	-7
TSS clone	`G`	clone	+	16871762	-6
TSS clone	`G`	clone	+	16871766	-2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTTCTCTCAT + 16871745 16871756 -23 -12

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTTCTCTCAT`	+	16871745	16871756	-23	-12
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAATTGGG + 16871646 16871653 -122 -115

AtREG647 CAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGTGGAC + 16871656 16871663 -112 -105

AtREG513 ACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TAAGCCCATCA + 16871670 16871680 -98 -88

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635    GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAATTGGG`		+	16871646	16871653	-122	-115
	AtREG647	`CAATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGTGGAC`		+	16871656	16871663	-112	-105
	AtREG513	`ACGTGGAC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TAAGCCCATCA`		+	16871670	16871680	-98	-88
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None