version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G48430.1

Summary of Gene (AT1G48430.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G48430  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G48430.1  
Description dihydroxyacetone kinase family protein; FUNCTIONS IN: glycerone kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: glycerol metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Dak phosphatase (InterPro:IPR004007), Dihydroxyacetone kinase (InterPro:IPR012734), Dak kinase (InterPro:IPR004006); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: dihydroxyacetone kinase family protein (TAIR:AT3G17770.1); Has 2623 Blast hits to 2620 proteins in 533 species: Archae - 8; Bacteria - 1792; Metazoa - 85; Fungi - 145; Plants - 38; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 555 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 17907689-17906490)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G48430.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence










 
AT1G48440.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G48430.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2-17907149-460
TSS peakG4-17906786-97

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-17906793-104
TSS cloneGclone-17906792-103

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTTCTT-1790675317906762-64-73
Y PatchCTCTCTTCTTCTTCTCT-1790679317906809-104-120
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTAACGG-1790684317906850-154-161
 AtREG610TTTAACGG PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGTCGGTTTAT-1790685617906864-167-175
 AtREG514TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598 CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTATACCGGTTTT-1790687817906889-189-200
 AtREG629TATACCGG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG436   ACCGGTTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG542    CCGGTTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCCGGCCCAATAT-1790689517906906-206-217
 AtREG457CCGGCCCA    CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414 CGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352  GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509    CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTTAATGGGCT-1790691417906924-225-235
 AtREG604CTTAATGG    PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357  TAATGGGC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372   AATGGGCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAACACGTG-1790697517906982-286-293
 AtREG590AACACGTGABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+17907046AT1G48440.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+17907003AT1G48440.1
TSS cloneTclone+17907006AT1G48440.1
TSS cloneAclone+17907033AT1G48440.1
TSS cloneGclone+17907034AT1G48440.1
TSS cloneAclone+17907039AT1G48440.1
TSS cloneAclone+17907049AT1G48440.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGTTAAA+1790684317906850AT1G48440.1
 AtREG610CCGTTAAA PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGATAAACCGA+1790685617906864AT1G48440.1
 AtREG598ATAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAAAACCGGTATA+1790687817906889AT1G48440.1
 AtREG542AAAACCGG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436 AAACCGGT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG629    CCGGTATA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATATTGGGCCGG+1790689517906906AT1G48440.1
 AtREG509ATATTGGG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414   TTGGGCCG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG457    TGGGCCGGCK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGAGCCCATTAAG+1790691417906924AT1G48440.1
 AtREG372AGCCCATT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357 GCCCATTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396  CCCATTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG604   CCATTAAG PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
REGCACGTGTT+1790697517906982AT1G48440.1
 AtREG590CACGTGTTABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.