PlantPromoterDB promoter information of AT1G49950.2

Summary of Gene (AT1G49950.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G49950 TAIR NCBI
Gene model	AT1G49950.2
Description	Encodes a telomeric DNA binding protein. In vitro, an N-terminal Myb domain enables it to interact with double-stranded telomeric repeats.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 18497713-18496514)

`Genome position from initiation codon` `AT1G49950.1 AT1G49950.3 TSS from cDNA TSS information AT1G49950.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G49950.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 18497216 -503

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	18497216	-503

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 18497230 -517

TSS clone T clone - 18497202 -489

TSS clone A clone - 18497168 -455

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	18497230	-517
TSS clone	`T`	clone	-	18497202	-489
TSS clone	`A`	clone	-	18497168	-455

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAACGCGTTT - 18497270 18497280 -557 -567

AtREG566 AAAACGCG    PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG633 AAACGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAAACGCGTTTTAAGGCC - 18497290 18497307 -577 -594

AtREG566 AAAACGCGTTTT       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG633 AAACGCGTTT        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564      GCGTTTTA      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG416           TTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGCGTTTTAAGGCC - 18497316 18497333 -603 -620

AtREG566 AAAACGCGTTTT       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG633 AAACGCGTTT        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564      GCGTTTTA      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG416           TTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAACGCGTTT`		-	18497270	18497280	-557	-567
	AtREG566	`AAAACGCG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG633	`AAACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAAACGCGTTTTAAGGCC`		-	18497290	18497307	-577	-594
	AtREG566	`AAAACGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG633	`AAACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACGCGTTTTAAGGCC`		-	18497316	18497333	-603	-620
	AtREG566	`AAAACGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG633	`AAACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None