PlantPromoterDB promoter information of AT1G50660.1

Summary of Gene (AT1G50660.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G50660 TAIR NCBI
Gene model	AT1G50660.1
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G20350.1); Has 17678 Blast hits to 12063 proteins in 820 species: Archae - 279; Bacteria - 1267; Metazoa - 9769; Fungi - 1256; Plants - 599; Viruses - 41; Other Eukaryotes - 4467 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 18757336-18758535)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G50660.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G50640.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G50660.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 18771215 -171

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	18771215	-171

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 18771210 -176

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	18771210	-176

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CATCTCTCTCTCTCTCTC + 18771192 18771209 -194 -177

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CATCTCTCTCTCTCTCTC`	+	18771192	18771209	-194	-177
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CACGCGCT + 18771082 18771089 -304 -297

AtREG381 CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG ACGACGTCGTC + 18771122 18771132 -264 -254

AtREG431 ACGACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CACGCGCT`		+	18771082	18771089	-304	-297
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`ACGACGTCGTC`		+	18771122	18771132	-264	-254
	AtREG431	`ACGACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 - 18758412 AT1G50640.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	-	18758412	AT1G50640.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 18758424 AT1G50640.1

TSS clone T clone - 18758423 AT1G50640.1

TSS clone A clone - 18758413 AT1G50640.1

TSS clone T clone - 18758395 AT1G50640.1

TSS clone T clone - 18758394 AT1G50640.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	18758424	AT1G50640.1
TSS clone	`T`	clone	-	18758423	AT1G50640.1
TSS clone	`A`	clone	-	18758413	AT1G50640.1
TSS clone	`T`	clone	-	18758395	AT1G50640.1
TSS clone	`T`	clone	-	18758394	AT1G50640.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCC - 18758397 18758404 AT1G50640.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCC`	-	18758397	18758404	AT1G50640.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None