PlantPromoterDB promoter information of AT1G53542.1

Summary of Gene (AT1G53542.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G53542 TAIR NCBI
Gene model	AT1G53542.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; Has 1 Blast hits to 1 proteins in 1 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 19980628-19981827)

`Genome position from initiation codon` `AT1G53540.1 TSS from cDNA TSS information AT1G53542.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G53541.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G53542.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 19980774 -854

TSS peak A 5 + 19981421 -207

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	19980774	-854
TSS peak	`A`	5	+	19981421	-207

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 19981421 -207

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19981421	-207

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTATAAATA + 19981384 19981393 -244 -235

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTATAAATA`	+	19981384	19981393	-244	-235
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGCCGT + 19980602 19980609 -1026 -1019

AtREG540 GACGCCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG CGCACGTGTT + 19980688 19980697 -940 -931

AtREG541 CGCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG590   CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG GAACCGGTTCGGT + 19981186 19981198 -442 -430

AtREG528 GAACCGGTTC    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423    CCGGTTCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456     CGGTTCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451      GGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGGGTA + 19981332 19981339 -296 -289

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGCCGT`		+	19980602	19980609	-1026	-1019
	AtREG540	`GACGCCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGCACGTGTT`		+	19980688	19980697	-940	-931
	AtREG541	`CGCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG590	`CACGTGTT`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
REG	`GAACCGGTTCGGT`		+	19981186	19981198	-442	-430
	AtREG528	`GAACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG456	`CGGTTCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAGGGTA`		+	19981332	19981339	-296	-289
	AtREG570	`TAAGGGTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None