PlantPromoterDB promoter information of AT1G54340.1

Summary of Gene (AT1G54340.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G54340 TAIR NCBI
Gene model	AT1G54340.1
Description	NADP-specific isocitrate dehydrogenase (ICDH)

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 20282520-20283719)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G54340.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G54340.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 20283455 -65

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	20283455	-65

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 20283474 -46

TSS clone T clone + 20283477 -43

TSS clone A clone + 20283480 -40

TSS clone A clone + 20283481 -39

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	20283474	-46
TSS clone	`T`	clone	+	20283477	-43
TSS clone	`A`	clone	+	20283480	-40
TSS clone	`A`	clone	+	20283481	-39

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATAGAG + 20283421 20283428 -99 -92

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATAGAG`	+	20283421	20283428	-99	-92
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAGGCCCATATA + 20283357 20283369 -163 -151

AtREG374 TCAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432     GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620      CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTGGGCTTG + 20283372 20283381 -148 -139

AtREG510 AGTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 GTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525   TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATTTGGGCTTTT + 20283385 20283396 -135 -124

AtREG421 ATTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGCCCAAC + 20283405 20283414 -115 -106

AtREG445 GTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449   GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAGGCCCATATA`		+	20283357	20283369	-163	-151
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGTGGGCTTG`		+	20283372	20283381	-148	-139
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATTTGGGCTTTT`		+	20283385	20283396	-135	-124
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGCCCAAC`		+	20283405	20283414	-115	-106
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG449	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None