PlantPromoterDB promoter information of AT1G54780

Summary of Gene (AT1G54780)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G54780 TAIR NCBI
Gene model	AT1G54780
Description	thylakoid lumen 18.3 kDa protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: thylakoid, thylakoid lumen, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast thylakoid lumen, chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF477 (InterPro:IPR007621); Has 159 Blast hits to 159 proteins in 71 species: Archae - 0; Bacteria - 103; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 30; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 24 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 20438533-20439732)

`Genome position from initiation codon` `AT1G54780.1 TSS from cDNA TSS information AT1G54780 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G54780

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 17 + 20439505 -28

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	17	+	20439505	-28

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 20439434 -99

TSS clone A clone + 20439499 -34

TSS clone T clone + 20439500 -33

TSS clone G clone + 20439505 -28

TSS clone T clone + 20439520 -13

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	20439434	-99
TSS clone	`A`	clone	+	20439499	-34
TSS clone	`T`	clone	+	20439500	-33
TSS clone	`G`	clone	+	20439505	-28
TSS clone	`T`	clone	+	20439520	-13

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCC + 20439491 20439498 -42 -35

Y Patch CCTTCTCTCCC + 20439541 20439551 8 18

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCC`	+	20439491	20439498	-42	-35
Y Patch	`CCTTCTCTCCC`	+	20439541	20439551	8	18
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAAACGCCACGTCG + 20439329 20439343 -204 -190

AtREG564 TAAAACGC        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG650 AAAACGCC       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG508     ACGCCACG    PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG371      CGCCACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG388       GCCACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG465        CCACGTCG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GGCCTTAG + 20439380 20439387 -153 -146

AtREG577 GGCCTTAG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAAACGCCACGTCG`		+	20439329	20439343	-204	-190
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG650	`AAAACGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG508	`ACGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG371	`CGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG388	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG465	`CCACGTCG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`GGCCTTAG`		+	20439380	20439387	-153	-146
	AtREG577	`GGCCTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None