version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G56110.1

Summary of Gene (AT1G56110.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G56110  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G56110.1  
Description NOP56-like protein  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 20987893-20986694)

Genome position     
from initiation codon
AT1G56120.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G56110.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence










 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G56110.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG47-20986949-56

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-20986951-58
TSS cloneTclone-20986948-55
TSS cloneAclone-20986947-54
TSS cloneTclone-20986946-53
TSS cloneGclone-20986911-18

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTCCT-2098690020986910-7-17
Y PatchTTTCTTCTC-2098693620986944-43-51
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGTTAAATGGGCCTGGCCCATTG-2098701820987041-125-148
 AtREG610CCGTTAAA                 PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG443    TAAATGGG             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386     AAATGGGC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361      AATGGGCC GGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354       ATGGGCCT          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG370        TGGGCCTG         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG619         GGGCCTGG        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG490              TGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG551                GCCCATTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGATGGGCCGGG-2098707020987081-177-188
 AtREG635TGATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG403 GATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380  ATGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG457   TGGGCCGG CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG404    GGGCCGGGCK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.