PlantPromoterDB promoter information of AT1G56180.1

Summary of Gene (AT1G56180.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G56180 TAIR NCBI
Gene model	AT1G56180.1
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G27290.1); Has 333 Blast hits to 332 proteins in 62 species: Archae - 0; Bacteria - 123; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 98; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 112 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 21029047-21027848)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G56180.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G56190.1 AT1G56190.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G56180.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone - 21028062 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	21028062	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 21 + 21028238 AT1G56190.1, AT1G56190.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	21	+	21028238	AT1G56190.1, AT1G56190.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 21028210 AT1G56190.1, AT1G56190.2

TSS clone G clone + 21028212 AT1G56190.1, AT1G56190.2

TSS clone T clone + 21028239 AT1G56190.1, AT1G56190.2

TSS clone A clone + 21028365 AT1G56190.1, AT1G56190.2

TSS clone T clone + 21028366 AT1G56190.1, AT1G56190.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	21028210	AT1G56190.1, AT1G56190.2
TSS clone	`G`	clone	+	21028212	AT1G56190.1, AT1G56190.2
TSS clone	`T`	clone	+	21028239	AT1G56190.1, AT1G56190.2
TSS clone	`A`	clone	+	21028365	AT1G56190.1, AT1G56190.2
TSS clone	`T`	clone	+	21028366	AT1G56190.1, AT1G56190.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCATATAT + 21028203 21028211 AT1G56190.1, AT1G56190.2

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCATATAT`	+	21028203	21028211	AT1G56190.1, AT1G56190.2
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAAAGCC + 21028038 21028045 AT1G56190.1, AT1G56190.2

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAACGACGT + 21028083 21028092 AT1G56190.1, AT1G56190.2

AtREG565 TAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CATTGGGCCGA + 21028116 21028126 AT1G56190.1, AT1G56190.2

AtREG461 CATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   TTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TAAAGCCCATTTA + 21028128 21028140 AT1G56190.1, AT1G56190.2

AtREG365 TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif