PlantPromoterDB promoter information of AT1G56190.2

Summary of Gene (AT1G56190.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G56190 TAIR NCBI
Gene model	AT1G56190.2
Description	phosphoglycerate kinase, putative; FUNCTIONS IN: phosphoglycerate kinase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, glycolysis; LOCATED IN: thylakoid, mitochondrion, chloroplast stroma, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoglycerate kinase, N-terminal (InterPro:IPR015824), Phosphoglycerate kinase (InterPro:IPR001576), Phosphoglycerate kinase, C-terminal (InterPro:IPR015901), Phosphoglycerate kinase, conserved site (InterPro:IPR015911); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PGK1 (PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1); phosphoglycerate kinase (TAIR:AT3G12780.1); Has 8089 Blast hits to 8068 proteins in 1791 species: Archae - 166; Bacteria - 2876; Metazoa - 368; Fungi - 140; Plants - 376; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4163 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 21027622-21028821)

`Genome position from initiation codon` `AT1G56190.1 TSS from cDNA TSS information AT1G56190.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G56180.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G56190.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 + 21028238 -384

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	+	21028238	-384

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 21028210 -412

TSS clone G clone + 21028212 -410

TSS clone T clone + 21028239 -383

TSS clone A clone + 21028365 -257

TSS clone T clone + 21028366 -256

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	21028210	-412
TSS clone	`G`	clone	+	21028212	-410
TSS clone	`T`	clone	+	21028239	-383
TSS clone	`A`	clone	+	21028365	-257
TSS clone	`T`	clone	+	21028366	-256

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCATATAT + 21028203 21028211 -419 -411

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCATATAT`	+	21028203	21028211	-419	-411
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAAAGCC + 21028038 21028045 -584 -577

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAACGACGT + 21028083 21028092 -539 -530

AtREG565 TAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CATTGGGCCGA + 21028116 21028126 -506 -496

AtREG461 CATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   TTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TAAAGCCCATTTA + 21028128 21028140 -494 -482

AtREG365 TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAAAGCC`		+	21028038	21028045	-584	-577
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAACGACGT`		+	21028083	21028092	-539	-530
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`CATTGGGCCGA`		+	21028116	21028126	-506	-496
	AtREG461	`CATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TAAAGCCCATTTA`		+	21028128	21028140	-494	-482
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak C clone - 21028062 AT1G56180.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	21028062	AT1G56180.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None