version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G56290.1

Summary of Gene (AT1G56290.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G56290  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G56290.1  
Description CwfJ-like family protein; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein similar to CwfJ, C-terminal 1 (InterPro:IPR006768), Protein similar to CwfJ, C-terminal 2 (InterPro:IPR006767); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CwfJ-like family protein / zinc finger (CCCH-type) family protein (TAIR:AT5G56900.2); Has 2202 Blast hits to 1747 proteins in 222 species: Archae - 2; Bacteria - 25; Metazoa - 988; Fungi - 216; Plants - 103; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 866 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 21074939-21076138)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G56290.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G56290.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG13+21075293-646

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+21075286-653

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCTTCTTCC+2107530921075319-630-620
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACCGGTTAA+2107500021075009-939-930
 AtREG552GACCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG503 ACCGGTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG501  CCGGTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGGACCGGTTC+2107506621075074-873-865
 AtREG552GACCGGTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528 ACCGGTTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTCGTTTT+2107509321075100-846-839
 AtREG520GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTCCGGTTTAT+2107510521075115-834-824
 AtREG534TTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412  CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598   CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGACCGGTTAT+2107516621075175-773-764
 AtREG552GACCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG503 ACCGGTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG548  CCGGTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGCCGGTTTT+2107518921075196-750-743
 AtREG542CCGGTTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTCCGGTTTAT+2107520821075218-731-721
 AtREG573GTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412  CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598   CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAACCGGAA-2107494621074955AT1G56280.1
 AtREG548ATAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG621 TAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG534  AACCGGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAACCGGTC-2107500021075009AT1G56280.1
 AtREG501TTAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG503 TAACCGGT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG552  AACCGGTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGAACCGGTC-2107506621075074AT1G56280.1
 AtREG528GAACCGGT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG552 AACCGGTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAAAACGAC-2107509321075100AT1G56280.1
 AtREG520AAAACGAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATAAACCGGAA-2107510521075115AT1G56280.1
 AtREG598ATAAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534   AACCGGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.