PlantPromoterDB promoter information of AT1G58200.2

Summary of Gene (AT1G58200.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G58200 TAIR NCBI
Gene model	AT1G58200.2
Description	A member of MscS-like gene family, structurally very similar to MSL2, comprising of an N-terminal chloroplast transit peptide, five trans-membrane helices and a C-terminal cytoplasmic domain. Mutant plants showed abnormalities in the size and shape of plastids. MSL3-GFP was localized to discrete foci on the plastid envelope and co-localize with the plastid division protein AtMinE. MSL3 was capable of increasing the osmotic-shock survival of a mutant bacterial strain lacking MS-ion-channel activity.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 21553488-21552289)

`Genome position from initiation codon` `AT1G58200.1 TSS from cDNA TSS information AT1G58200.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G58200.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 21553123 -635

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	21553123	-635

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CACGTGGAA - 21553256 21553264 -768 -776

AtREG408 CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG627 ACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG ACGCCACG - 21553282 21553289 -794 -801

AtREG508 ACGCCACG PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GAATGGGCCTAACGATGGGCCCATTT - 21553315 21553340 -827 -852

AtREG643 GAATGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC        GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG535      GGCCTAAC              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG403              GATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391               ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422                TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386                   GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAAGCC - 21553381 21553388 -893 -900

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TATATGGGCT - 21553395 21553404 -907 -916

AtREG620 TATATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477   TATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CACGTGGAA`		-	21553256	21553264	-768	-776
	AtREG408	`CACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG627	`ACGTGGAA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`ACGCCACG`		-	21553282	21553289	-794	-801
	AtREG508	`ACGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`GAATGGGCCTAACGATGGGCCCATTT`		-	21553315	21553340	-827	-852
	AtREG643	`GAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG535	`GGCCTAAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAAAGCC`		-	21553381	21553388	-893	-900
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TATATGGGCT`		-	21553395	21553404	-907	-916
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTGGCGT + 21553282 21553289 AT1G58210.1

AtREG508 CGTGGCGT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG AAATGGGCCCATCGTTAGGCCCATTC + 21553315 21553340 AT1G58210.1

AtREG386 AAATGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC        GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCCAT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403      GGCCCATC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG535              GTTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360               TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358                TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                 AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG643                   GCCCATTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTTT + 21553381 21553388 AT1G58210.1

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AGCCCATATA + 21553395 21553404 AT1G58210.1

AtREG477 AGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432 GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620   CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCTGG + 21553427 21553438 AT1G58210.1

AtREG418 AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619     GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GGCCTTAC + 21553444 21553451 AT1G58210.1

AtREG530 GGCCTTAC PPDB Motif PLACE Motif