PlantPromoterDB promoter information of AT1G58210.1

Summary of Gene (AT1G58210.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G58210 TAIR NCBI
Gene model	AT1G58210.1
Description	EMBRYO DEFECTIVE 1674 (EMB1674); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: embryonic development ending in seed dormancy; EXPRESSED IN: leaf whorl, petal, male gametophyte, flower, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT associated (InterPro:IPR015216), KIP1-like (InterPro:IPR011684); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: kinase interacting family protein (TAIR:AT1G09720.1); Has 24624 Blast hits to 15362 proteins in 900 species: Archae - 370; Bacteria - 1847; Metazoa - 13466; Fungi - 2008; Plants - 1045; Viruses - 70; Other Eukaryotes - 5818 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 21552621-21553820)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G58210.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G58200.1 AT1G58200.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G58210.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 21553577 -44

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	21553577	-44

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTGGCGT + 21553282 21553289 -339 -332

AtREG508 CGTGGCGT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG AAATGGGCCCATCGTTAGGCCCATTC + 21553315 21553340 -306 -281

AtREG386 AAATGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC        GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCCAT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403      GGCCCATC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG535              GTTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360               TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358                TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                 AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG643                   GCCCATTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTTT + 21553381 21553388 -240 -233

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AGCCCATATA + 21553395 21553404 -226 -217

AtREG477 AGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432 GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620   CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCTGG + 21553427 21553438 -194 -183

AtREG418 AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619     GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GGCCTTAC + 21553444 21553451 -177 -170

AtREG530 GGCCTTAC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTGGCGT`		+	21553282	21553289	-339	-332
	AtREG508	`CGTGGCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`AAATGGGCCCATCGTTAGGCCCATTC`		+	21553315	21553340	-306	-281
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG403	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG535	`GTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG643	`GCCCATTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTTT`		+	21553381	21553388	-240	-233
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGCCCATATA`		+	21553395	21553404	-226	-217
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCCTGG`		+	21553427	21553438	-194	-183
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG619	`GGGCCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GGCCTTAC`		+	21553444	21553451	-177	-170
	AtREG530	`GGCCTTAC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 21553123 AT1G58200.1, AT1G58200.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	21553123	AT1G58200.1, AT1G58200.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CACGTGGAA - 21553256 21553264 AT1G58200.1, AT1G58200.2

AtREG408 CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG627 ACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG ACGCCACG - 21553282 21553289 AT1G58200.1, AT1G58200.2

AtREG508 ACGCCACG PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GAATGGGCCTAACGATGGGCCCATTT - 21553315 21553340 AT1G58200.1, AT1G58200.2

AtREG643 GAATGGGC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC        GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG535      GGCCTAAC              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG403              GATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391               ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422                TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386                   GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAAGCC - 21553381 21553388 AT1G58200.1, AT1G58200.2

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TATATGGGCT - 21553395 21553404 AT1G58200.1, AT1G58200.2

AtREG620 TATATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477   TATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY