version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G62730.1

Summary of Gene (AT1G62730.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G62730  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G62730.1  
Description transferase; FUNCTIONS IN: transferase activity; INVOLVED IN: biosynthetic process; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Squalene/phytoene synthase (InterPro:IPR002060); Has 671 Blast hits to 669 proteins in 308 species: Archae - 0; Bacteria - 381; Metazoa - 94; Fungi - 65; Plants - 24; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 107 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 23231118-23229919)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G62730.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
AT1G62740.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G62730.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-23230721-603

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTTCTCC-2323070323230712-585-594
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACGTCGT-2323077223230779-654-661
 AtREG431GACGTCGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGAACCGACT-2323080323230810-685-692
 AtREG641AACCGACT PPDB MotifAACCG(G/A), CCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 
REGACGTCGTCGTGTCAT-2323082123230835-703-717
 AtREG526ACGTCGTC        PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG438       CGTGTCATABA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTAATGGG-2323095523230962-837-844
 AtREG558CTAATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4+23230987AT1G62740.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+23230941AT1G62740.1
TSS cloneCclone+23230942AT1G62740.1
TSS cloneAclone+23230961AT1G62740.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGTCGTC+2323073523230742AT1G62740.1
 AtREG526ACGTCGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGACGACGTC+2323077223230779AT1G62740.1
 AtREG431ACGACGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGAGTCGGTT+2323080323230810AT1G62740.1
 AtREG641AGTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A), CCGAC  PLACE MotifCCGAC, RCCGAC 
REGATGACACGACGACGT+2323082123230835AT1G62740.1
 AtREG438ATGACACG       ABA PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG526       GACGACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.