PlantPromoterDB promoter information of AT1G62740.1

Summary of Gene (AT1G62740.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G62740 TAIR NCBI
Gene model	AT1G62740.1
Description	stress-inducible protein, putative; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: response to stress; LOCATED IN: cytosol, nucleus, plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock chaperonin-binding (InterPro:IPR006636), Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide region (InterPro:IPR013026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: stress-inducible protein, putative (TAIR:AT1G12270.1); Has 34012 Blast hits to 14045 proteins in 887 species: Archae - 1292; Bacteria - 9292; Metazoa - 8243; Fungi - 1967; Plants - 2227; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 10987 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 23230026-23231225)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G62740.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G62730.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G62740.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 23230987 -39

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	23230987	-39

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 23230941 -85

TSS clone C clone + 23230942 -84

TSS clone A clone + 23230961 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	23230941	-85
TSS clone	`C`	clone	+	23230942	-84
TSS clone	`A`	clone	+	23230961	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTCGTC + 23230735 23230742 -291 -284

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ACGACGTC + 23230772 23230779 -254 -247

AtREG431 ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AGTCGGTT + 23230803 23230810 -223 -216

AtREG641 AGTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ATGACACGACGACGT + 23230821 23230835 -205 -191

AtREG438 ATGACACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG526 GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTCGTC`		+	23230735	23230742	-291	-284
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ACGACGTC`		+	23230772	23230779	-254	-247
	AtREG431	`ACGACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AGTCGGTT`		+	23230803	23230810	-223	-216
	AtREG641	`AGTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`ATGACACGACGACGT`		+	23230821	23230835	-205	-191
	AtREG438	`ATGACACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 23230721 AT1G62730.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	23230721	AT1G62730.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTCC - 23230703 23230712 AT1G62730.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTCC`	-	23230703	23230712	AT1G62730.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GACGTCGT - 23230772 23230779 AT1G62730.1

AtREG431 GACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AACCGACT - 23230803 23230810 AT1G62730.1

AtREG641 AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ACGTCGTCGTGTCAT - 23230821 23230835 AT1G62730.1

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG438 CGTGTCAT ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAATGGG - 23230955 23230962 AT1G62730.1

AtREG558 CTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif