version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G63940.2

Summary of Gene (AT1G63940.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G63940  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G63940.2  
Description monodehydroascorbate reductase, putative; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to cold; LOCATED IN: mitochondrion, stromule, chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase (InterPro:IPR013027); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATMDAR2; monodehydroascorbate reductase (NADH) (TAIR:AT5G03630.1); Has 19261 Blast hits to 19238 proteins in 1797 species: Archae - 414; Bacteria - 13253; Metazoa - 865; Fungi - 447; Plants - 361; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3921 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 23729545-23730744)

Genome position     
from initiation codon
AT1G63940.1         
AT1G63940.3         
AT1G63940.4         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G63940.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G63940.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4+23729890-205

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+23729981-114
TSS cloneCclone+23730050-45
TSS cloneTclone+23730052-43
TSS cloneAclone+23730087-8
TSS cloneAclone+23730094-1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA15+23730122AT1G63940.1, AT1G63940.3, AT1G63940.4

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+23730122AT1G63940.1, AT1G63940.3, AT1G63940.4

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTATAAACT+2373008423730093AT1G63940.1, AT1G63940.3, AT1G63940.4
Y PatchCTCTTCTT+2373007923730086AT1G63940.1, AT1G63940.3, AT1G63940.4
Y PatchTCTCTCTC+2373011423730121AT1G63940.1, AT1G63940.3, AT1G63940.4
Y PatchTCTTCTTCCTC+2373013323730143AT1G63940.1, AT1G63940.3, AT1G63940.4
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.