PlantPromoterDB promoter information of AT1G64140.1

Summary of Gene (AT1G64140.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G64140 TAIR NCBI
Gene model	AT1G64140.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: sperm cell, male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: loricrin-related (TAIR:AT5G64550.1); Has 2298 Blast hits to 1429 proteins in 121 species: Archae - 0; Bacteria - 42; Metazoa - 1626; Fungi - 29; Plants - 243; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 349 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 23808159-23806960)

`Genome position from initiation codon` `AT1G64142.1 TSS from cDNA TSS information AT1G64140.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G64140.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak T 4 - 23806178 -169

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`T`	4	-	23806178	-169

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGTTTAC - 23806337 23806344 -328 -335

AtREG519 CGGTTTAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCCAATTG - 23806365 23806372 -356 -363

AtREG647 CCCAATTG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGTTTAC`		-	23806337	23806344	-328	-335
	AtREG519	`CGGTTTAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCCAATTG`		-	23806365	23806372	-356	-363
	AtREG647	`CCCAATTG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 23807080 AT1G64142.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	23807080	AT1G64142.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 23807159 AT1G64142.1

TSS clone C clone - 23807076 AT1G64142.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	23807159	AT1G64142.1
TSS clone	`C`	clone	-	23807076	AT1G64142.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTC - 23807087 23807094 AT1G64142.1

Y Patch CCTCTCTC - 23807097 23807104 AT1G64142.1

Y Patch CCTCTCTCTCTCCTCTCCT - 23807112 23807130 AT1G64142.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTC`	-	23807087	23807094	AT1G64142.1
Y Patch	`CCTCTCTC`	-	23807097	23807104	AT1G64142.1
Y Patch	`CCTCTCTCTCTCCTCTCCT`	-	23807112	23807130	AT1G64142.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAAAGCC - 23807129 23807136 AT1G64142.1

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGTGTG - 23807221 23807228 AT1G64142.1

AtREG460 CACGTGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG AAGGGTAT - 23807257 23807264 AT1G64142.1

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif