PlantPromoterDB promoter information of AT1G64390.1

Summary of Gene (AT1G64390.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G64390 TAIR NCBI
Gene model	AT1G64390.1
Description	Arabidopsis thaliana glycosyl hydrolase 9C2 (AtGH9C2); FUNCTIONS IN: carbohydrate binding, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Six-hairpin glycosidase (InterPro:IPR012341), Carbohydrate-binding (InterPro:IPR008965), Glycoside hydrolase, family 9, active site (InterPro:IPR018221), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Glycoside hydrolase, family 9 (InterPro:IPR001701); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AtGH9C3 (Arabidopsis thaliana glycosyl hydrolase 9C3); carbohydrate binding / catalytic/ hydrolase, hydrolyzing O-glycosyl compounds (TAIR:AT4G11050.1); Has 1169 Blast hits to 1156 proteins in 190 species: Archae - 0; Bacteria - 327; Metazoa - 138; Fungi - 14; Plants - 625; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 23910329-23911528)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G64390.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G64390.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 210 + 23911195 -134

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	210	+	23911195	-134

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 23911119 -210

TSS clone G clone + 23911127 -202

TSS clone A clone + 23911195 -134

TSS clone C clone + 23911196 -133

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	23911119	-210
TSS clone	`G`	clone	+	23911127	-202
TSS clone	`A`	clone	+	23911195	-134
TSS clone	`C`	clone	+	23911196	-133

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCATATAAAGA + 23911157 23911168 -172 -161

Y Patch TTCCTCTC + 23911146 23911153 -183 -176

Y Patch TCTTCTTCTTCTTCCTCTCTCCTTCTC + 23911211 23911237 -118 -92

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCATATAAAGA`	+	23911157	23911168	-172	-161
Y Patch	`TTCCTCTC`	+	23911146	23911153	-183	-176
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTTCCTCTCTCCTTCTC`	+	23911211	23911237	-118	-92
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None