PlantPromoterDB promoter information of AT1G64400

Summary of Gene (AT1G64400)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G64400 TAIR NCBI
Gene model	AT1G64400
Description	long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative / long-chain acyl-CoA synthetase, putative; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-dependent synthetase and ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: long-chain-fatty-acid--CoA ligase / long-chain acyl-CoA synthetase (TAIR:AT4G23850.1); Has 37136 Blast hits to 34958 proteins in 1973 species: Archae - 490; Bacteria - 19607; Metazoa - 2102; Fungi - 1252; Plants - 1156; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 12528 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 23912281-23911082)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G64400 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G64390.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G64400

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 23919757 -76

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	23919757	-76

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 210 + 23911195 AT1G64390.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	210	+	23911195	AT1G64390.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 23911119 AT1G64390.1

TSS clone G clone + 23911127 AT1G64390.1

TSS clone A clone + 23911195 AT1G64390.1

TSS clone C clone + 23911196 AT1G64390.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	23911119	AT1G64390.1
TSS clone	`G`	clone	+	23911127	AT1G64390.1
TSS clone	`A`	clone	+	23911195	AT1G64390.1
TSS clone	`C`	clone	+	23911196	AT1G64390.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCATATAAAGA + 23911157 23911168 AT1G64390.1

Y Patch TTCCTCTC + 23911146 23911153 AT1G64390.1

Y Patch TCTTCTTCTTCTTCCTCTCTCCTTCTC + 23911211 23911237 AT1G64390.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCATATAAAGA`	+	23911157	23911168	AT1G64390.1
Y Patch	`TTCCTCTC`	+	23911146	23911153	AT1G64390.1
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTTCCTCTCTCCTTCTC`	+	23911211	23911237	AT1G64390.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None