version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G65010

Summary of Gene (AT1G65010)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G65010  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G65010  
Description unknown protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G27595.1); Has 289245 Blast hits to 110345 proteins in 2676 species: Archae - 3808; Bacteria - 54712; Metazoa - 119193; Fungi - 19166; Plants - 10632; Viruses - 1818; Other Eukaryotes - 79916 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 24145893-24147092)

Genome position     
from initiation codon
AT1G65000.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G65010                        5'->3' (+)
Promoter sequence















 
AT1G64990.1         
AT1G64990.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G65010

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8+24149308-235

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCCT+2414931324149320-230-223
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATAAAGCC+2414913924149146-404-397
 AtREG601ATAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+24147052AT1G65000.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakTclone-24146189AT1G64990.1, AT1G64990.2
TSS clone peakGclone-24145980AT1G64990.1, AT1G64990.2
TSS clone peakAclone-24145979AT1G64990.1, AT1G64990.2
TSS cloneGclone+24147040AT1G65000.1
TSS cloneAclone+24147044AT1G65000.1
TSS cloneAclone+24147048AT1G65000.1
TSS cloneCclone+24147058AT1G65000.1
TSS cloneGclone+24147061AT1G65000.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCCAATAAGCCCATTAAGGCCCATAA+2414697524147000AT1G65000.1
 AtREG417CCCAATAA                   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG611 CCAATAAG                  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG462    ATAAGCCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426     TAAGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378      AAGCCCAT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372       AGCCCATT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357        GCCCATTA           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396         CCCATTAA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG604          CCATTAAG         PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG416             TTAAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG351              TAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353               AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354                AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364                 GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG394                  GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.