PlantPromoterDB promoter information of AT1G65010

Summary of Gene (AT1G65010)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G65010 TAIR NCBI
Gene model	AT1G65010
Description	unknown protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G27595.1); Has 289245 Blast hits to 110345 proteins in 2676 species: Archae - 3808; Bacteria - 54712; Metazoa - 119193; Fungi - 19166; Plants - 10632; Viruses - 1818; Other Eukaryotes - 79916 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 24155493-24156692)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G65010 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G65020.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G65010

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 24149308 -235

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	24149308	-235

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCCT + 24149313 24149320 -230 -223

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCCT`	+	24149313	24149320	-230	-223
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAAAGCC + 24149139 24149146 -404 -397

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAAAGCC`		+	24149139	24149146	-404	-397
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 24156575 AT1G65020.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	24156575	AT1G65020.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 24156605 AT1G65020.1

TSS clone G clone - 24156601 AT1G65020.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	24156605	AT1G65020.1
TSS clone	`G`	clone	-	24156601	AT1G65020.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTC - 24156555 24156562 AT1G65020.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTC`	-	24156555	24156562	AT1G65020.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGTCGGTTCAA + 24156649 24156659 AT1G65030.1

AtREG641 AGTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

AtREG640    CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAACCGGTTTT + 24156681 24156691 AT1G65030.1

AtREG503 TAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG436   ACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542    CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGAACCGACT - 24156649 24156659 AT1G65020.1

AtREG640 TTGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG641    AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG AAAACCGGTTA - 24156681 24156691 AT1G65020.1

AtREG542 AAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503    ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR