PlantPromoterDB promoter information of AT1G65020.1

Summary of Gene (AT1G65020.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G65020 TAIR NCBI
Gene model	AT1G65020.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NERD (InterPro:IPR011528); Has 53 Blast hits to 53 proteins in 19 species: Archae - 0; Bacteria - 18; Metazoa - 9; Fungi - 0; Plants - 19; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 24157511-24156312)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G65020.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G65030.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G65020.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 24156575 -64

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	24156575	-64

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 24156605 -94

TSS clone G clone - 24156601 -90

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	24156605	-94
TSS clone	`G`	clone	-	24156601	-90

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTC - 24156555 24156562 -44 -51

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTC`	-	24156555	24156562	-44	-51
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGAACCGACT - 24156649 24156659 -138 -148

AtREG640 TTGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG641    AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG AAAACCGGTTA - 24156681 24156691 -170 -180

AtREG542 AAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503    ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TTAAACCGGAT - 24156695 24156705 -184 -194

AtREG473 TTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GGCGTCGT - 24156862 24156869 -351 -358

AtREG537 GGCGTCGT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGAACCGACT`		-	24156649	24156659	-138	-148
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG641	`AACCGACT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`AAAACCGGTTA`		-	24156681	24156691	-170	-180
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`TTAAACCGGAT`		-	24156695	24156705	-184	-194
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GGCGTCGT`		-	24156862	24156869	-351	-358
	AtREG537	`GGCGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 10 + 24156762 AT1G65030.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	10	+	24156762	AT1G65030.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 24156763 AT1G65030.1

TSS clone A clone + 24156770 AT1G65030.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	24156763	AT1G65030.1
TSS clone	`A`	clone	+	24156770	AT1G65030.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTCT + 24156718 24156726 AT1G65030.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTCT`	+	24156718	24156726	AT1G65030.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGTCGGTTCAA + 24156649 24156659 AT1G65030.1

AtREG641 AGTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

AtREG640    CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAACCGGTTTT + 24156681 24156691 AT1G65030.1

AtREG503 TAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG436   ACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542    CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATCCGGTTTAA + 24156695 24156705 AT1G65030.1

AtREG561 ATCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473    CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif