PlantPromoterDB promoter information of AT1G65220.1

Summary of Gene (AT1G65220.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G65220 TAIR NCBI
Gene model	AT1G65220.1
Description	eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon domain-containing protein; FUNCTIONS IN: binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: regulation of translational initiation; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon (InterPro:IPR003307), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon domain-containing protein (TAIR:AT5G36230.1); Has 618 Blast hits to 616 proteins in 89 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 468; Fungi - 26; Plants - 99; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 24225204-24226403)

`Genome position from initiation codon` `AT1G65210.1 TSS from cDNA TSS information AT1G65220.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G65220.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 24226134 -70

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	24226134	-70

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 24226111 -93

TSS clone C clone + 24226123 -81

TSS clone T clone + 24226132 -72

TSS clone G clone + 24226134 -70

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	24226111	-93
TSS clone	`C`	clone	+	24226123	-81
TSS clone	`T`	clone	+	24226132	-72
TSS clone	`G`	clone	+	24226134	-70

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTTTCTCT + 24226116 24226126 -88 -78

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTTTCTCT`	+	24226116	24226126	-88	-78
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGAACCGGTTTGG + 24226035 24226047 -169 -157

AtREG423 CGAACCGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528 GAACCGGT     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436    ACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496     CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG550      CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGTCATTT + 24226065 24226072 -139 -132

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGAACCGGTTTGG`		+	24226035	24226047	-169	-157
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG550	`CGGTTTGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CGTCATTT`		+	24226065	24226072	-139	-132
	AtREG657	`CGTCATTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None