PlantPromoterDB promoter information of AT1G65490

Summary of Gene (AT1G65490)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G65490 TAIR NCBI
Gene model	AT1G65490
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G65486.1); Has 8 Blast hits to 8 proteins in 1 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 8; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 24365742-24366941)

`Genome position from initiation codon` `AT1G65541.1 TSS from cDNA TSS information AT1G65490 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G65540.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G65490

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 24354779 -13

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	24354779	-13

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTCTATATATT + 24354737 24354748 -55 -44

Y Patch CGTCTTCT + 24354734 24354741 -58 -51

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTCTATATATT`	+	24354737	24354748	-55	-44
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	24354734	24354741	-58	-51
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACCGCGT + 24354651 24354658 -141 -134

AtREG441 AACCGCGT Drought PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACCGCGT`		+	24354651	24354658	-141	-134
	AtREG441	`AACCGCGT`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 24366439 AT1G65540.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	24366439	AT1G65540.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC - 24366445 24366470 AT1G65540.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC`	-	24366445	24366470	AT1G65540.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCGACCCGACCCGAA - 24366505 24366519 AT1G65540.1

AtREG539 TCGACCCG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG383 CGACCCGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390   GACCCGAC      PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG405    ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442     CCCGACCC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375      CCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG597        GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CGGACCCGACCCGA - 24366521 24366534 AT1G65540.1

AtREG491 CGGACCCG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390   GACCCGAC     PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG405    ACCCGACC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442     CCCGACCC   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375      CCGACCCG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383       CGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAATTGGG - 24366586 24366593 AT1G65540.1

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif