version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G65540.1

Summary of Gene (AT1G65540.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G65540  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G65540.1  
Description calcium-binding EF hand family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, plastid; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-Hand type (InterPro:IPR011992), LETM1-like (InterPro:IPR011685); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcium-binding mitochondrial protein-related (TAIR:AT3G59820.1); Has 5986 Blast hits to 5091 proteins in 515 species: Archae - 39; Bacteria - 659; Metazoa - 2946; Fungi - 435; Plants - 306; Viruses - 24; Other Eukaryotes - 1577 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 24367011-24365812)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G65540.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

















 
AT1G65541.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G65540.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5-24366439-428

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC-2436644524366470-434-459
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCGACCCGACCCGAA-2436650524366519-494-508
 AtREG539TCGACCCG        PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG383 CGACCCGACCCGA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG390  GACCCGAC      PPDB MotifCCGAC, GGGACCC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG405   ACCCGACC     PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG442    CCCGACCC    PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG375     CCGACCCG   PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG597       GACCCGAA PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGCGGACCCGACCCGA-2436652124366534-510-523
 AtREG491CGGACCCG       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG390  GACCCGAC     PPDB MotifCCGAC, GGGACCC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG405   ACCCGACC    PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG442    CCCGACCC   PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG375     CCGACCCG  PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG383      CGACCCGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAATTGGG-2436658624366593-575-582
 AtREG600TAATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.