PlantPromoterDB promoter information of AT1G65540.1

Summary of Gene (AT1G65540.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G65540 TAIR NCBI
Gene model	AT1G65540.1
Description	calcium-binding EF hand family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, plastid; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-Hand type (InterPro:IPR011992), LETM1-like (InterPro:IPR011685); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcium-binding mitochondrial protein-related (TAIR:AT3G59820.1); Has 5986 Blast hits to 5091 proteins in 515 species: Archae - 39; Bacteria - 659; Metazoa - 2946; Fungi - 435; Plants - 306; Viruses - 24; Other Eukaryotes - 1577 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 24366861-24365662)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G65540.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G65541.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G65540.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 24366439 -428

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	24366439	-428

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC - 24366445 24366470 -434 -459

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTC`	-	24366445	24366470	-434	-459
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGACCCGACCCGAA - 24366505 24366519 -494 -508

AtREG539 TCGACCCG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG383 CGACCCGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390   GACCCGAC      PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG405    ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442     CCCGACCC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375      CCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG597        GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CGGACCCGACCCGA - 24366521 24366534 -510 -523

AtREG491 CGGACCCG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390   GACCCGAC     PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG405    ACCCGACC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442     CCCGACCC   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375      CCGACCCG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383       CGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAATTGGG - 24366586 24366593 -575 -582

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGACCCGACCCGAA`		-	24366505	24366519	-494	-508
	AtREG539	`TCGACCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG383	`CGACCCGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CGGACCCGACCCGA`		-	24366521	24366534	-510	-523
	AtREG491	`CGGACCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAATTGGG`		-	24366586	24366593	-575	-582
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None