PlantPromoterDB promoter information of AT1G67840

Summary of Gene (AT1G67840)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G67840 TAIR NCBI
Gene model	AT1G67840
Description	Encodes a chloroplast sensor kinase (CSK) that shares common ancestors with cyanobacterial histidine sensor kinases. CSK is synthesised in the cytosol and imported into the chloroplast as a protein precusor. CSK is autophosphorylated and required for control of transcription of chloroplast genes by the redox state of an electron carrier connecting photosystems I and II.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 25433156-25434355)

`Genome position from initiation codon` `AT1G67840.1 AT1G67840.2 TSS from cDNA TSS information AT1G67840 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G67840

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 25434102 -54

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	25434102	-54

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 25434102 -54

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	25434102	-54

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCCTC + 25434090 25434099 -66 -57

Y Patch CGTCTTCC + 25434142 25434149 -14 -7

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCCTC`	+	25434090	25434099	-66	-57
Y Patch	`CGTCTTCC`	+	25434142	25434149	-14	-7
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCCGTTTT + 25433931 25433939 -225 -217

AtREG524 CGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG531 GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGCCGTTTA + 25433982 25433990 -174 -166

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG613 GCCGTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGCCGTTTA + 25434040 25434048 -116 -108

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG613 GCCGTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCCGTTTT`		+	25433931	25433939	-225	-217
	AtREG524	`CGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG531	`GCCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TGCCGTTTA`		+	25433982	25433990	-174	-166
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG613	`GCCGTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TGCCGTTTA`		+	25434040	25434048	-116	-108
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG613	`GCCGTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None