PlantPromoterDB promoter information of AT1G67960.1

Summary of Gene (AT1G67960.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G67960 TAIR NCBI
Gene model	AT1G67960.1
Description	EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Membrane protein,Tapt1/CMV receptor (InterPro:IPR008010); Has 243 Blast hits to 229 proteins in 123 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 79; Fungi - 87; Plants - 18; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 59 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 25485176-25483977)

`Genome position from initiation codon` `AT1G67970.1 TSS from cDNA TSS information AT1G67960.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G67960.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 25484261 -85

TSS clone peak T clone - 25484196 -20

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	25484261	-85
TSS clone peak	`T`	clone	-	25484196	-20

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTC - 25484209 25484216 -33 -40

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTC`	-	25484209	25484216	-33	-40
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAGCGTTTTG - 25484313 25484322 -137 -146

AtREG626 CAGCGTTT   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG585   GCGTTTTG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG ACGCCGTTT - 25484329 25484337 -153 -161

AtREG497 ACGCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

AtREG524 CGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAATTGGG - 25484393 25484400 -217 -224

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACACGTGGCAG - 25484405 25484416 -229 -240

AtREG590 AACACGTG     ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG367   CACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379    ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG468     CGTGGCAG ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GGCTTTTT - 25484420 25484427 -244 -251

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAAACCGAACCGAACCGACT - 25484472 25484492 -296 -316

AtREG511 CTAAACCG              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAACCGAAC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACCGAACC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456      CCGAACCGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575       CGAACCGAACCGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG641              AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAGCGTTTTG`		-	25484313	25484322	-137	-146
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG585	`GCGTTTTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
REG	`ACGCCGTTT`		-	25484329	25484337	-153	-161
	AtREG497	`ACGCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG524	`CGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAATTGGG`		-	25484393	25484400	-217	-224
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACACGTGGCAG`		-	25484405	25484416	-229	-240
	AtREG590	`AACACGTG`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG468	`CGTGGCAG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`GGCTTTTT`		-	25484420	25484427	-244	-251
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTAAACCGAACCGAACCGACT`		-	25484472	25484492	-296	-316
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG641	`AACCGACT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None