PlantPromoterDB promoter information of AT1G68300.1

Summary of Gene (AT1G68300.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G68300 TAIR NCBI
Gene model	AT1G68300.1
Description	universal stress protein (USP) family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UspA (InterPro:IPR006016), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Universal stress protein A (InterPro:IPR006015); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ethylene-responsive protein, putative (TAIR:AT1G09740.1); Has 4247 Blast hits to 4068 proteins in 895 species: Archae - 347; Bacteria - 3225; Metazoa - 46; Fungi - 59; Plants - 390; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 180 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 25600261-25599062)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G68300.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G68310.1 AT1G68310.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G68300.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 - 25599352 -91

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	-	25599352	-91

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 25599344 -83

TSS clone A clone - 25599343 -82

TSS clone A clone - 25599341 -80

TSS clone C clone - 25599340 -79

TSS clone A clone - 25599303 -42

TSS clone A clone - 25599266 -5

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	25599344	-83
TSS clone	`A`	clone	-	25599343	-82
TSS clone	`A`	clone	-	25599341	-80
TSS clone	`C`	clone	-	25599340	-79
TSS clone	`A`	clone	-	25599303	-42
TSS clone	`A`	clone	-	25599266	-5

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCCTCT - 25599353 25599361 -92 -100

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCCTCT`	-	25599353	25599361	-92	-100
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAGGCCCATC - 25599394 25599404 -133 -143

AtREG374 TCAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403    GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CCAATAAG - 25599459 25599466 -198 -205

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATGGGCTTA - 25599532 25599542 -271 -281

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAGGCCCATC`		-	25599394	25599404	-133	-143
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG403	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`CCAATAAG`		-	25599459	25599466	-198	-205
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATATGGGCTTA`		-	25599532	25599542	-271	-281
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 + 25599589 AT1G68310.1, AT1G68310.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	+	25599589	AT1G68310.1, AT1G68310.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 25599491 AT1G68310.1, AT1G68310.2

TSS clone A clone + 25599492 AT1G68310.1, AT1G68310.2

TSS clone A clone + 25599546 AT1G68310.1, AT1G68310.2

TSS clone A clone + 25599621 AT1G68310.1, AT1G68310.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	25599491	AT1G68310.1, AT1G68310.2
TSS clone	`A`	clone	+	25599492	AT1G68310.1, AT1G68310.2
TSS clone	`A`	clone	+	25599546	AT1G68310.1, AT1G68310.2
TSS clone	`A`	clone	+	25599621	AT1G68310.1, AT1G68310.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTTTCTTCTCT + 25599607 25599620 AT1G68310.1, AT1G68310.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTTTCTTCTCT`	+	25599607	25599620	AT1G68310.1, AT1G68310.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GATGACGTGTCG + 25599334 25599345 AT1G68310.1, AT1G68310.2

AtREG578 GATGACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG483 ATGACGTG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG481    GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG478     ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG GATGGGCCTGA + 25599394 25599404 AT1G68310.1, AT1G68310.2

AtREG403 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370   TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374    GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG CTTATTGG + 25599459 25599466 AT1G68310.1, AT1G68310.2

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGCCCATAT + 25599532 25599542 AT1G68310.1, AT1G68310.2

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif